Desert Punk é um anime que se passa em um mundo destruído por causa de uma guerra em escala mundial. Nos anos 3000 (aproximadamente), a civilização vivia a “Era da Escuridão”, já que a guerra nuclear tinha abalado o mundo todo e a maior parte do planeta Terra era nada mais, nada menos do que um imenso deserto.

O protagonista é Kanta Mizuno, conhecido também como o Rebelde do Deserto (ou Desert Punk - daí o nome da série) e vive no deserto de Kanto, que corresponde ao que hoje é o Japão. O Desert Punk tem fama de ser um esperto mercenário, um jovem que sempre termina o que lhe é designado e que usa distintas habilidades para fazê-lo.