O personagem principal é Kei Kusanagi, um jovem que sofre uma estranha doença, que faz com que fique em um estado de coma paralisado toda vez que sofre um estresse emocional. Antes do começo da estória, Kei aos 15 anos sofre um desses quadros e permanece 'desligado' por 3 anos após testemunhar o suicídio da irmã. Depois de se recuperar, ele sai de casa e vai morar com seu tio, que é médico, e tia.

Logo no começo ele encontra uma linda alien meio-humana chamada Mizuho Kazami que foi enviada para observar o planeta Terra. No dia seguinde, ele ficou surpreso ao descobrir que ela seria a professora substituta! Depois de serem descobertos em uma situação comprometedora, Kei defendeu Mizuho inventando que ela seria sua esposa. Esse suposto casamento acabou aproximando-os e criando uma afeição verdadeira.